Il più antico santuario della città, dedicato alla Madonna Assunta e citato per la prima volta nel 1162, è comunemente noto come Santa Maria in fontibus a motivo di alcune fonti ritenute miracolose esistenti un tempo sotto il presbiterio. La sua posizione prossima alla Cattedrale, cui era collegata da un insieme di edifici, tra i quali il quattrocentesco chiostro dei Canonici, demoliti nel 1902 per l'allargamento di Via Enrico D'Aste e l'apertura di Piazza IV Novembre, ha fatto ipotizzare che le due chiese costituissero un complesso monumentale di "cattedrale doppia". Il conseguente arretramento della fronte comportò l'amputazione della prima campata e la distruzione dell'affresco seicentesco presente sulla controfacciata con l'effigie della Vergine a protezione della città, dettagliatamente raffigurata ai suoi piedi racchiusa nella sua cinta muraria.
Di origine altomedievale, la chiesa aveva una giurisdizione particolare ad familias, cioè riservata a determinati nuclei familiari, in Albenga e sul borgo di San Fedele, con proprietà che si estendevano nella Val Lerrone. Confermata nel 1162 da papa Alessandro III al vescovo di Milano Oberto, la collegiata rimase dipendente dall'arcidiocesi milanese fino al XVI secolo, per tornare sotto la giurisdizione del vescovo di Albenga all'epoca del concilio di Trento. Delle modifiche apportate all'edificio nel sec. XIV restano in facciata: il portale in pietra con strombatura ornata di più colonne e, nella nicchia sovrapposta alla lunetta, una statua in marmo della Vergine col Bambino; la trifora sovrastante il portale, riccamente adorna di decorazioni gotiche, ritrovata murata sotto l'intonaco durante la demolizione del 1903.
La chiesa trecentesca, a tre navate con colonne di pietra nera, fu demolita dalle fondamenta e ricostruita negli anni 1612-1625. La nuova chiesa, edificata a linee rinascimentali, presenta ancora tre navate con colonne in muratura rifinite a stucco lucido, volta a botte nella navata centrale e a vela nelle laterali; la volta del presbiterio è ornata con rosoni neoclassici e l'intero monumento è arricchito da decorazioni e stucchi dorati di fattura moderna.
Al suo interno si possono ammirare: il monumentale altare maggiore (1714), su cui si eleva la massiccia statua marmorea dell'Assunta, scultura genovese risalente al 1622; il Crocifisso ligneo di provenienza romana (1638) sull'altare omonimo; la pala d'altare raffigurante la Madonna col Bambino e i SS. Cosma e Damiano, opera di Orazio De Ferrari (1639); l'altare marmoreo e il gruppo processionale della Madonna del Carmine (1714); le sculture lignee processionali di S. Isidoro l'Agricoltore (1906) e di S. Lucia (1983), a testimonianza delle devozioni più recenti.
Nel campanile, sopraelevato in fasi successive negli anni 1657, 1701, 1802, è stato murato esternamente un cippo funerario del II secolo d.C. con un'iscrizione che ricorda M. Vibullio Proculo (morto diciassettenne) e la madre Vibullia Procula, cittadini dell'antica Albingaunum, come dimostra la menzione della tribù Publilia a cui era ascritto il municipio romano.